Con lettera del 13 luglio 1827 l’allora Gonfaloniere del Comune di Pesaro, il Conte Francesco Cassi, chiede l’approvazione per l’erezione in Pesaro di una Accademia Agraria. L’idea si deve ad alcuni dotti pesaresi tra i quali si possono annoverare i nomi del March. Antaldo Antaldi, il Conte Giuseppe Mamiani, il March. Pietro Petrucci. L’autorizzazione si ottenne con lettera dell’ 8 novembre 1827.

Il primo statuto, approvato il 12 giugno 1828, indica all’art.3 che il fine dell’Accademia è quello di “perfezionare e propagare l’agricoltura”; tal fine era da raggiungere tramite adunanze; sperimentazioni agrarie; lezioni teorico-pratiche; pubblicando le più importanti memorie.

Dal 1831 si ebbe una battuta di arresto e l’Accademia venne sciolta per timore che vi fossero tra le sue fila liberali; si sospettava anche tra i fondatori. Questo non fermò la Magistratura accademica dall’organizzare adunanze private e tenersi in contatto con i soci. Nel 1840 l’Accademia poté riaprire la Scuola di agricoltura, con apposita nomina del professore di Agronomia, Luigi Francesco Botter. Essendo questa una vera scuola, si dotò di un regolamento, programmi e disciplina d’esami. In più, non avendo più a disposizione gli Orti Giuli, ovvero le fosse ed i terrapieni ottenuti nel 1827, quali luogo in cui fare sperimentazione, venne l’idea di istituire un “podere modello”. A questo scopo l’Accademia ottenne, l’anno successivo, l’uso gratuito del fondo “Carmine vecchio” appartenente alla Casa Ducale Leutemberg. Il podere verrà abbandonato 2 anni più tardi a favore di un fondo più vasto e adatto sul Monte S.Bartolo. Negli anni antecedenti al 1845, l’attività dell’Accademia era al minimo, e solo nel predetto anno si poté ricominciare con le adunanze accademiche a patto di dare nuova vita all’istituzione che avrebbe dovuto presentare uno Statuto nuovo. La prima nuova adunanza avvenne il 20 dicembre 1845. La ripristinata Accademia si impegnò nella gestione della nuova istituita Scuola di Agricoltura, ma anche si attivò a rispondere alle proposte in campo agricolo e di allevamento. Importante fu la persecuzione dell’insegnamento agrario di contadini, fattori e possidenti.

In questi anni ci si occupò lungamente dell’acquisto di un nuovo potere modello, che venne individuato nel Podere di Montegranaro sul Monte Ardizio. La tenuta fu acquistata nel 1855 e ad occuparsene fu chiamato il professore di Agraria Luigi Guidi, il quale introdusse bonifiche ed esperimenti. Con l’entrata delle Marche nel Regno d’Italia, il Guidi aveva ottenuto da Lorenzo Valerio, allora Commissario delle Marche, che si impiantassero la Sezione di Meccanica e Costruzione nell’Istituto Tecnico fondato nel ’64, alle quali pensò in seguito di farvi aggiungere anche la Sezione di Agronomia e Agrimensura; e fece in modo che a queste due Sezioni concorresse l’Accademia con la sua Scuola agraria e il podere modello. Quelle sezioni vennero di fatti aggiunte nel 1865 come pareggiate.

Fin dal 1862 l’Accademia capisce che per la razionale coltura dei campi non bastava istruire i proprietari, ma l’insegnamento doveva essere esteso anche ai coloni. A questo scopo si pensò di istituire una Colonia Agraria, la quale ebbe successo solo più tardi nel 1876. Da inizio anni ’70, l’Accademia prese in considerazione la possibilità di istituire una stazione di prova per la cultura dei cereali e a tal proposito nel 1872 istituì un campo sperimentale in un podere concesso dalla Casa Albani, fuori Porta Collina,  e se ne affidò la direzione al Professore di agraria, che eseguì diverse esperienze intorno alla coltura del grano. 

Due anni più tardi nella Scuola Tecnica si erano sistemate regolarmente le Sezioni di Agrimensura e Agronomia e l’Accademia Agraria fu liberata dell’impegno di provvedere alla Scuola agraria. Con riguardo alla Scuola, la Sezione di Agrimensura e Agronomia che fino al 1872 era stata a carico dell’Accademia, dall’anno seguente divenne governativa. Questo fece perdere all’Accademia il sussidio annuo conferitogli dalla Provincia in quanto questa non ottemperava più all’insegnamento agrario. L'Accademia si impegnava a continuare gli insegnamenti agronomici pur senza la cattedra di agricoltura. Nel frattempo era riaffiorato il progetto della Colonia destinata alla formazione dei giovani agricoltori e a tal scopo furono acquistati i fondi di “Vaccheria grande” e “Vaccheria piccola”. Nel frattempo, si presentò l’occasione di comprare la grande residenza di Villa Caprile con i terreni annessi. Tutti i poderi e i terreni fino ad adesso acquistati vennero messi in affitto tramite asta. Nel 1878 furono venduti. Ora, tutte le risorse finanziarie si concentravano su Villa Caprile, intesa e come Colonia agraria e come Azienda.

In questi anni il Ministero di Agricoltura, industria e Commercio pensava all’istituzione delle Regie Scuole pratiche di Agricoltura, creandone ex novo dove queste non esistevano, e questo era il caso dell’Accademia. Si giunse ad un accordo nel 1880 e fu approvata da parte dell’Accademia agraria la trasformazione della Colonia in Scuola pratica di Agricoltura con il consorzio del solo Governo. L’Accademia così manteneva il governo della Scuola, mentre il governo partecipava alla gestione con ispezioni. Otto anni più tardi l’Accademia perdeva completamente la gestione della Scuola che diveniva indipendente sotto il diretto controllo dello Stato; nel 1889 con regio decreto fu promulgato il nuovo regolamento che sanzionava l’uscita ufficiale dell’Accademia dalla gestione didattica e amministrativa.

Ovviamente l’Accademia continuò il suo impegno per altre iniziative con la partecipazione ad esposizioni e convegni, lo studio e l’introduzione di nuove colture. Negli ultimi anni del XX secolo si impegnò per l’introduzione della coltura della barbabietola nella nostra regione e del cavolfiore; lo studio per la sistemazione del bacino inferiore del Foglia.

Nel 1924 il complesso di Villa Caprile, di cui era ancora proprietaria l’Accademia, fu venduto alla Provincia in quanto non poteva più sostenere gli onerosi costi di manutenzione. Di conseguenza, nel 1926 l’Accademia si diede un nuovo statuto.

Non avendo più la gestione della Regia Scuola di Agricoltura, l’Accademia dovette trovare un nuovo luogo in cui risiedere e dal 1889 il Municipio le destinò un locale. Oggi l’Accademia Agraria ha sede a Pesaro, in Via Mazza n.9.